บัณฑิตวิทยาลัย มหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ ได้รับการจัดตั้งขึ้นเมื่อวันที่ 11 มิถุนายน พ.ศ. 2523 มีฐานะเทียบเท่าคณะวิชาหนึ่งของมหาวิทยาลัย สืบเนื่องมาจาก มหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ ได้ดำเนินการสอนหลักสูตรระดับบัณฑิตศึกษามาตั้งแต่ปีการศึกษา 2522 โดยเปิดรับนักศึกษาในหลักสูตรปริญญาโท สาขาวิชาเคมีศึกษาเป็นสาขาวิชาแรก และมีสาขาวิชาอื่นๆ เพิ่มเข้าอย่างต่อเนื่อง จึงทำให้มหาวิทยาลัยจำเป็นต้องจัดตั้งหน่วยงานที่จะมาดูแลหลักสูตรสหสาขาที่หลายคณะร่วมกันสอนในระดับปริญญาโท ปริญญาเอก ประกาศนียบัตรและประกาศนียบัตรชั้นสูง จึงเกิดการจัดตั้งบัณฑิตวิทยาลัยขึ้นมาในปี 2523 โดยจัดตั้งที่วิทยาเขตหาดใหญ่ ซึ่งเป็นวิทยาเขตที่มีจำนวนคณะและสาขาวิชามากที่สุดในขณะนั้น[1]

ปัจจุบันบัณฑิตวิทยาลัย มีหลักสูตรระดับบัณฑิตศึกษาจำนวน 172 หลักสูตร แยกเป็นหลักสูตรประกาศนียบัตร 1 สาขาวิชา หลักสูตรระดับประกาศนียบัตรบัณฑิตชั้นสูง 3 สาขาวิชา หลักสูตรระดับปริญญาโท 112 สาขาวิชา และหลักสูตรระดับปริญญาเอก 56 สาขาวิชา จัดทำการสอนใน 4 วิทยาเขตคือ หาดใหญ่ ภูเก็ต สุราษฎร์ธานี และปัตตานี